Tak už jsem to rozchodil, pátrání na internetu se vyplatilo. Bylo třeba znovu synchronizovat DO s jednotkou. Kdyby to někoho v budoucnu potkalo, tak pro originál Škoda dálkový centrály "AEV", který se montovaly kolem roku 2000, platí následující postup:

Vypnuté zapalování. Stisknout obě tlačítka na ovladači a držet stisknuté (+/- 10 vteřin), dokud nepřestane blikat dioda. Pustit tlačítka, dioda se rozsvítí trvale. Zapnout zapalování a 3× stisknout větší tlačítko ovladače, jako potvrzení vám zablikají směrovky. Vypnout zapalování. Hotovo.